Пётр I, став у кормила государственного правления, видел глухое, а порою и явное, недовольство духовенства теми преобразованиями, которые были начаты для модернизации России, ибо они разрушали старый московский строй и обычаи, которым те были так привержены . Как носитель государственной идеи, Пётр не допускал самостоятельности церкви в государстве, а как реформатор, отдавший жизнь делу обновления отечества, он не любил духовенство, в массе которого находил наибольшее число противников того, что ему было самому более всего ближе. Но человеком неверующим он не был, скорее он принадлежал к числу тех, кого называют равнодушными к делам веры.
Ещё при жизни Патриарха Адриана Пётр, совсем молодой человек, ведший довольно далёкую от церковных интересов жизнь, высказывал главе русского духовенства свои пожелания относительно приведения в порядок духовного чина. Однако патриарх чуждался новшеств, проникавших в строй государственной и общественной жизни России. С течением времени недовольство Петра русским духовенством усиливалось, так что он даже привык большую часть своих неудач и затруднений во внутренних делах приписывать тайному, но упорному противодействию духовенства. Когда в представлении Петра всё противодействовавшее и враждебное его реформам и замыслам воплотилось в лице духовенства, он решил обезвредить это противодействие, и к этому были направлены все его реформы, относящиеся к устройству Российской Церкви. Все они имели в виду:
Устранение возможности вырасти русскому папе — «второму государю, самодержцу равносильному или большему», каким мог стать, а в лице патриархов Филарета и Никона до известной степени становился, московский патриарх;
Подчинение церкви монарху. На духовенство Пётр смотрел так, что оно «не есть иное государство» и должно, «наравне с другими сословиями», подчиняться общим государственным законам.
Путешествия Петра по протестантским странам Европы ещё более усилили его взгляды на отношение государства и церкви. С изрядным вниманием Пётр слушал советы Вильгельма Оранского в 1698, во время своих неофициальных встреч, устроить Церковь в России на манер Англиканской, объявив себя её Главою.
http://www.ateism.ru/articles/peter-1.htm