Формирование состава продолжалось весь сезон. Во втором круге в команду пришел известный по выступлениям за киевское «Динамо» вратарь И. Кутепов, вернулись в ЦСКА Д. Кузнецов, Д. Гайсумов, Т. Петросянц, Д. Карсаков. Это пополнение подоспело вовремя. Команда по итогам первой половины чемпионата занимала 13-ю строчку в таблице, и впору было всерьез думать о сохранении места в высшем дивизионе. Набрав в последних пяти турах 11 очков, армейцы обосновались на 12-м месте. Лучшим бомбардиром стал Владимир Кулик (9 голов), а всего армейцы провели в ворота соперников 31 мяч.
Дублирующий состав (тренеры — В. А. Колядко и С. И. Березин) выступал в третьей зоне третьей лиги и занял восьмое место. Лучший бомбардир дубля — С. Куличенко (21 гол).
В розыгрыше Кубка России 1996/1997 гг. команда ЦСКА встречалась с клубами первого дивизиона. В 1/16 финала она победила в гостях «Сатурн» из Раменского — 2:0 (Кулик —
2, 1 — с пен.), а в следующей стадии уступила в серии 11-метровых «Заре» из Ленинска-Кузнецкого — 0:0, 7:8 (забили — Минько, Гришин, Хомуха, Кулик, Герасимов, Цаплин, Лобжанидзе; Боков попал в штангу, удар Шустикова отбил вратарь).
В новом розыгрыше армейцы стартовали в августе в Чите, где в 1/16 финала опять же по
11-метровым одолели местный «Локомотив» — 0:0, 4:3 (забили — Мовсесьян, Герасимов, Кузнецов, Агеев; Кутепов отразил два удара, вратарь читинцев Дьяконов отстоял ворота после удара Бокова). В октябре в 1/8 финала на стадионе «Песчаное» москвичам противостоял «Зенит». Армейцы победили — 3:2 (Семак — 2, Хомуха).
Интересно отметить, что правый полузащитник красно-синих Дмитрий Хомуха, забив 18 июня 1997 года в Ростове мяч со штрафного, метров с 22-х, вдруг открыл в себе необыкновенно полезный дар исполнять стандарты. Продолжение последовало:
16 июля — пенальти в матче с «Динамо», 2 августа — штрафной в «девятку» в Сочи, 27 сентября — снова штрафной на последних секундах в Москве в матче с самарскими «Крыльями», и мяч, закрученный седьмым номером ЦСКА, летит в «девятку». Забегая несколько вперед, добавим, что в следующем сезоне Дмитрий забил уже вдвое больше —
8 мячей, в 1999-м — опять 8 и в 2000-м — 7.
В список «33 лучших» включили под №3 двух армейцев — правого защитника М. Бокова и правого полузащитника С. Семака.
М. Боков и С. Семак дебютировали в национальной сборной России. Боков выступал в трех весенних товарищеских играх, а будущий многолетний капитан армейцев вышел на замену в решающем стыковом матче со сборной Италии за путевку на финальный турнир чемпионата мира 1998 года.
В единственном товарищеском матче олимпийской сборной с молодежной командой Грузии принимали участие армейские футболисты Первушин, Савельев, Куличенко, Коровушкин, Семшов.
В молодежной сборной России, занятой в отборочном цикле к ЧЕ-98, играли вратарь Армишев (5 игр, 4 пропущенных мяча) и полузащитник Агеев (1).
Два юных армейца Павел Храмов и Дмитрий Акимов сыграли по одному матчу за юношескую сборную 1981-82 г.р.