Во второй лиге команда ЦСКА-2 заняла 12-е место в Западной зоне.
В 1/4 финала Кубка России 1997/1998 гг. команда московских армейцев уступила в дополнительное время «Ротору» — 3:5 (Корнаухов, Кулик, Варламов).
В шестом розыгрыше Кубка наша команда в 1/16 финала победила «Амур-Энергию» из Благовещенска — 2:0 (Хомуха, Кулик), а в 1/8 — «Томь» — 2:1 (Филиппенков, Кулик).
В отборочных матчах национальной сборной страны к чемпионату Европы выступали армейские футболисты Варламов (3 матча), Семак (2) и Минько (1). Кроме того, Корнаухов, Новосадов и Филиппенков привлекались к товарищеским матчам.
Молодежная сборная участвовала в решающих матчах европейского чемпионата. В ее составе играл Корнаухов. Эта команда уступила в четвертьфинале испанцам — 0:1.
В новом составе «молодежки» играли армейцы Цаплин и Савельев.
В юношеской сборной России ЦСКА был представлен Храмовым, Родиным и Сметаниным. Эта команда стала победительницей проходивших в Москве Всемирных юношеских игр.
Еще более молодые футболисты стали победителями в квалификационных играх ЧЕ-99. Здесь выступали четверо наших — Розыев, Даньшин, Брусникин и Ковалев.
Армейцы столицы, совершившие удивительный спурт во втором круге чемпионата-98, не без оснований назывались специалистами в предстоящем сезоне очевидными конкурентами «Спартака». Состав команды был в основном укомплектован, поэтому селекция в межсезонье была проведена минимальная. Команду покинули игроки, не имевшие прочных позиций в основном составе: Герасимов, Бабенко, Кутепов, Шутов. Вернулся в ЦСКА из нижегородского «Локомотива» вратарь Дмитрий Гончаров, из «Сокола» — защитник Денис Первушин. Кроме того, стали армейцами защитник Игорь Аксенов из тульского «Арсенала», хавбеки Виктор Навоченко и Максим Низовцев из «Балтики» (в ходе чемпионата уехал обратно), Олег Шишкин из молдавской команды «Конструкторул» (Кишинев), словацкий футболист Марек Холли из нижегородского «Локомотива», нападающий М. Адиев из «Анжи» (позже отдан в аренду «Соколу»).
Команда закончила подготовку к чемпионату. Сбалансированный состав, поставленная в прошлом сезоне игра позволили вести на равных борьбу в чемпионате. К исходу первого круга ЦСКА уступал «Спартаку» и «Локомотиву» соответственно 5 и 3 очка. Причем лидеру армейцы проиграли с минимальным счетом — 0:1, а железнодорожникам с таким же счетом нанесли поражение. В таком порядке команды и пришли на финиш турнира. Только отставание армейцев от земляков из «Спартака» и «Локомотива» заметно увеличилось до 17 и 10 очков соответственно.
Лучшим бомбардиром вновь стал В. Кулик, забивший в ворота соперников 15 мячей — на один больше, чем год назад.
В весенней стадии розыгрыша Кубка России-1998/99 армейская команда провела две игры. В четвертьфинале гол Варламова принес победу над ярославским «Шинником», а полуфинал с «Зенитом» наша команда с таким же счетом проиграла. Следующую кубковую серию ЦСКА начал крупными победами над «Томью» — 5:0 (Кулик — три, Семак, Холли) и в последнем матче сезона над «Спартаком-Чукоткой» — 3:0 (Навоченко, Филиппенков — два).
Армейцы Москвы в списке лучших футболистов сезона: О. Корнаухов (№3), Е. Варламов (№2), В. Минько (№2), С. Семак (№1), Д. Хомуха (№3) и В. Кулик(№3).
